本會於修法中，提議相關重要條文全數納入行政院版草案，期望立法院三讀通過的版本能全數通過，後續作為推動民間與政府為海洋永續發展所做的努力。本協會再次強調：
1.海洋治理不同於陸地，「吹哨者條款」以及「公益訴訟」等機制是海洋保護重要的公民參與機制，以解決海洋上難以找到所謂「當地居民」的問題。
2.我國對於海洋生物多樣性的現況調查仍然有許多缺漏，有待海洋保育法通過後，完備海洋生態系統調查，並劃設重要的海洋庇護區。
3.社會必須凝聚共識，海洋保育法並非禁漁或滅漁，而是基於生態永續，確保海洋資源的永續性，無論是任何海洋開發或資源開採，都不應破壞生物重要棲息環境，以確保我國海洋資源的永續發展。
4.海洋保育除了恢復生物多樣性、保護生態系統，從氣候變遷角度而言，海洋生態系無論是海藻林、紅樹林等都有重要的碳匯功能，一旦遭受破壞，不僅喪失重要的碳匯系統，更嚴重的是封存在海洋的碳，會因此釋放到大氣中，增加碳排。
5.合理劃設非保護區但能有效保護生態等其他場域，並積極整合不同主管機關的海洋保護區，促使其他主管機關能確實執法保護海洋。
